玩家可以捕捉到多种强大的神兽，包括传说中的三圣鸟、超梦、洛奇亚等。这些神兽分布在游戏的不同地点，需要满足特定条件才能遇到。三圣鸟中的火焰鸟位于七子岛中一岛火山顶，闪电鸟在无人发电厂内部，急冻鸟则需在双子岛推石头堵住瀑布后深处捕捉。超梦位于神奇宝贝村的洞窟，进入后即可遇见，捕捉后还能获得超梦的mega石。
除了三圣鸟和超梦，玩家还能捕捉到其他稀有神兽。雷公、炎帝和水君是游戏中著名的三圣兽，需在击败四大天王和冠军后才会出现。雷公位于岩山顶端，炎帝在熔岩洞深处，水君则藏匿于瀑布底部。洛奇亚可在第八座彩虹岛的右下方捕捉，等级为70级。迪奥西斯出现在第九座彩虹岛，需完成拼图任务后才会出现。冰神柱和古拉顿分别位于双子岛和1号岛火焰山地下，吉拉奇则需前往幽灵塔顶楼才能遇到。
部分神兽的捕捉需要特殊道具或完成特定剧情。阿尔宙斯的出现需要玩家在丰缘地区的神殿中激活所有能量石，之后它会在神殿顶层出现。雪拉比位于3号岛左边的森林中，而凤王和代欧奇希斯则分别需要在诞生之岛和九之岛通过特定方式触发。梦幻的捕捉较为特殊，需在红莲岛的建筑物内获得秘密钥匙后才能进入相应区域。
捕捉神兽时需注意策略，建议将目标血量压至红色状态并施加睡眠或冰冻异常状态以提高成功率。若没有大师球，可使用时间球，战斗回合数超过30后捕捉率会显著提升。急冻鸟的捕捉需按特定顺序推石头堵住瀑布，顺序为上→右→下→左。携带克制神兽属性的宝可梦能更有效地削弱其体力，同时准备充足的精灵球和状态类道具是成功的关键。
游戏中的神兽不仅实力强大，还能为玩家的队伍带来显著提升。通过合理规划捕捉顺序和策略，玩家可以逐步收服这些稀有生物，完善自己的宝可梦图鉴。需部分神兽的出现与版本相关，如火红802改版中新增了更多神兽分布点，玩家可根据具体版本调整捕捉计划。
