要前往一二三岛执行任务，首先必须完成关都地区的主线剧情，即挑战并击败八个道馆馆主，之后在宝可梦联盟中战胜四天王及冠军，成为新的冠军。完成这一核心目标后，返回真新镇与大木博士对话，他会提及新的任务并指引你前往枯叶市的港口。在枯叶市，你需要找到大木博士的助手并从他那里获得一张名为船票的重要道具。持有船票后，前往枯叶市的码头，与停泊在那里的海狮号渡轮对话，即可选择出发前往旅程的第一站——第一岛。
抵达第一岛后，你需要前往岛屿上的宝可梦中心，在其左侧可以找到一个名为火箭队游戏厅的地点。进入游戏厅并击败内部的火箭队成员，解救一位被绑架的研究员，这是推动后续剧情的关键一步。完成这个事件后，前往岛屿南部的码头与船长对话，他会为你解锁前往第二岛的航线。在第一岛的实验室中，你通常可以获得前往三个岛屿的通行证，这是探索后续岛屿的必备凭证。准备好后，即可从第一岛的码头乘船前往第二岛。
到达第二岛后，你会遇到一个直接阻碍道路的难题：一只卡比兽睡在岛屿中部的道路上。为了解决这个问题，你需要先返回关都地区的紫苑镇，前往镇上的宝可梦塔顶层获取一件关键道具宝可梦之笛。获取笛子后，再返回第二岛对挡路的卡比兽使用，即可将其唤醒并移开。此后，你才能在第二岛上自由探索。第二岛上的主要任务是与特定居民对话，接到帮助一位父亲寻找失踪女儿的任务线索，这个任务会将你引导至第三岛。
根据在第二岛获得的线索，你需要再次返回码头，乘船前往第三岛寻找那位走失的小女孩。在第三岛的某片森林区域进行探索，最终会在森林深处发现被野生宝可梦惊吓到的小女孩。你需要击败或收服那只宝可梦以解救她。成功解救后，将她带回到第二岛她父亲所在的位置，任务即告完成，作为奖励，你会获得月之石等道具。围绕一二三岛的核心剧情任务便基本结束，之后你可以选择继续探索其他岛屿或返回关都地区。
